As diretrizes estabelecidas pela lei de criação do SISA previa a necessidade de um instrumento capaz de lidar com normas complementares do sistema. Este papel é exercido pelos Departamentos de Normatização e Registro do IMC, instâncias que dentro do SISA são responsáveis também pela aprovação e homologação das metodologias de projetos; pelos registros dos subprogramas que compõem o SISA; bem como a regulamentação e registro de outros serviços ecossistêmicos além daqueles já incluídos no SISA – a regulação do clima e ciclo da água pela conservação das florestas; uso sustentável dos recursos naturais e redução do desmatamento e emissão de carbono.
Cabe também aos Departamentos de Normatização e Registro do IMC autorizar e expedir os certificados de emissões reduzidas de gases de efeito estufa. Esses certificados funcionam como uma moeda para iniciativas individuais, comunitárias ou de empresas que comprovam a conservação das florestas e/ou o uso correto de recursos naturais. Eles são entregues, por exemplo, para quem está manejando recursos florestais ou produzindo bem, sem queimar e desmatar áreas.