O Subprograma Pecuária Diversificada Sustentável é um mecanismo do SISA que busca modernizar a pecuária tradicional por meio da diversificação das cadeias produtivas (corte e leite) e aprimoramento dos processos de criação (melhoramento das pastagens, sistemas rotativos, suplementação alimentar, seleção genética).
O desenvolvimento da Pecuária Diversificada adota os princípios da sustentabilidade dos processos e da diversificação de espécies e produtos. A implementação desse subprograma resultou em: 4.502 famílias beneficiadas em todo o Estado; R$ 10.675.600,00 repassados através de convênios firmados com instituições governamentais e não governamentais, para o fortalecimento das cadeias produtivas da piscicultura e da bovinocultura, com fomento voltado principalmente para atividades de construção de viveiros piscícolas, aquisição de alevinos e ração, mecanização para sistemas agrossilvipastoris e assistência técnica.
O Programa REM apoia cooperativas, associações de agricultores e entidades individuais com as seguintes medidas: